Bộ môn Khoa học Môi trường đã và đang thực hiện chương trình hợp tác với các tổ chức ngoài nước về các lĩnh vực liên quan đến sự phát triển nông nghiệp, nông thôn theo cơ chế phát triển sạch và giải quyết các vấn đề ô nhiễm môi trường.

1. Dự án JIRCAS - CTU: thực hiện chương trình phát triển nông thôn theo cơ chế phát triển sạch. Dự án bắt đầu từ năm 2008 với các nghiên cứu về môi trường nước, môi trường đất và các hoạt động sản xuất của 273 hộ dân trong ấp Mỹ Phụng xã Mỹ Khánh huyện Phong Điền Thành phố Cần Thơ. Kết quả đánh giá được xuất bản trong tài liệu "Nghiên cứu phát triển nông thôn dựa trên cơ chế phát triển sạch (2012)". Trên những cơ sở đó dự án đã mở rộng chương trình cho toàn huyện Phong Điền và mở rộng đến hai quận Bình Thủy và Cái Răng.

2. Dự án JIRCAS giai đoạn 2: "Phát triển những kỹ thuật nông nghiệp nhằm thích ứng với biến đổi khí hậu". Chủ nhiệm: Nguyễn Hữu Chiếm.

• Tiếp theo dự án tiến hành chương trình giảm phát thải khí nhà kính trên đồng ruộng và trong chăn nuôi động vật ăn cỏ. 
• Dự án cũng tiến hành nghiên cứu xây dựng mô hình canh tác cho các tỉnh đầu nguồn nơi quá dư nước vào mùa lũ và thiếu nước vào mùa khô nhằm giải quyết các khó khăn trên.

3. Dự án SubProM: Dự án tiến hành các nghiên cứu về khả năng sử dụng các chất thải có sẳn trong sản xuất nông nghiệp như rơm và trong đồng ruộng lục bình (WH) để sản xuất nhiên liệu sinh học (biogas) bền vững và thân thiện vớimôi trường theo một quy trình công nghệ sinh học đơn giản và chi phí thấp. Trong đó, kết quả mong đợi là tối ưu hóa quá trình tạo khí sinh học từ các phương pháp lý – hóa – sinh học để xử lý rơm và lục bình trước khi đem ủ tạo khí sinh học. Chủ nhiệm: Nguyễn Hữu Chiếm.

4. Dự án WWF: Bộ môn khoa học môi trường hợp tác với tổ chức WWF - Viêt Nam hổ trợ các trại nuôi cá Tra xuất khẩu đang ký chứng nhận ASC nhằm giảm ô nhiễm môi trường trong sản xuất và tăng giá bán cho sản phẩm trên thị trường quốc tế.

5. Dự án IFS: “Quản lý bền vững lâu dài nguồn tài nguyên nước trong bối cảnh biến đổi khí hậu: Xử lý và tái sử dụng nước nuôi trồng thủy sản bằng công nghệ sinh thái ở các vùng ven biển Đồng bằng sông Cửu Long, Việt Nam”. Chủ nhiệm: Ngô Thụy Diễm Trang

6. Dự án ISET: "Quản lý lũ lụt và sạt lở đất ở đô thị dựa vào cộng đồng cho thành phố Cần Thơ". Tham gia: Nguyễn Văn Công

7. Updating endangered species distribution & conservation in the Mekong delta provinces (Project code: VN097601 –VZ6109). Funded by WWF-Vietnam, Chủ nhiệm: Nguyễn Văn Công

8. Environment assessment for mangrove shrimp project sites and sustainable management plan for organic certification in Ca Mau province. Funded by SNV, Chủ nhiệm: Nguyễn Văn Công

9. Dự án “Đánh giá khả năng tạo khí sinh học của bùn thải ao nuôi tôm công nghiệp kết hợp với các nguồn sinh khối thực vật có sẵn tại tỉnh Tiền Giang” (thời gian: 12/2020 – 02/2021, Chủ nhiệm dự án: Trần Sỹ Nam)

10. Đánh giá tác động thông số môi trường lên năng suất tôm trong hệ thống tôm rừng ở các cấp tuổi rừng khác nhau tại Cà Mau (WWF- Việt Nam) (Chủ nhiệm: Ngô Thụy Diễm Trang, năm 2021)

11. Dự án JIRCAS giai đoạn 2021-2025: "Phát triển những kỹ thuật nông nghiệp tổng hợp nhằm thích ứng với biến đổi khí hậu" (Chủ nhiệm dự án: Nguyễn Văn Công)

12. Phát triển nông nghiệp bền vững vùng nông thôn đồng bằng sông Cửu Long, Việt Nam và vùng đồi núi ở Nhật Bản dựa trên các hoạt động cộng đồng sử dụng hiệu quả nguồn tài nguyên chất thải sinh học (Chủ nhiệm dự án: Nguyễn Công Thuận, thời gian: 2020 – 2022)

13. Khảo sát thách thức và sự chấp thuận của xã hội về sử dụng năng lượng tái tạo (Chủ nhiệm dự án: Trần Sỹ Nam, thời gian: 2021 – 2022).

14. Nghiên cứu tiềm năng của việc xử lý nước dựa vào thiên nhiên (Tham gia: Ngô Thụy Diễm Trang).

 Danh mục các bài báo đã được xuất bản

• Izumi, T., E. Matsubara, T. Dung, N. V. C. Ngan, N. H. Chiem and Y. Higano. 2016. Reduction of Greenhouse Gas Emissions in Vietnam through Introduction of a Proper Technical Support System for Domestic Biogas Digesters. Journal of Sustainable Development. Published by Canadian Center of Science and Education. Vol. 9, No. 3; 2016: 224-235.
• Izumi, T., Y. Higano, E. Matsubara, T. Dung, L. T. Minh, and N. H. Chiem. 2015. Effect of Appropriate Technology Introduction to Farm Households in Vietnam for GHG Emission Reduction. Journal of Sustainable Development, Published by Canadian Center of Science and Education. Vol. 8, 147-158.
• Kinh, C.T., , Ahn, J., Suenaga, T., Sittivorakulpong, N., Noophan, P., Hori, T., Riya, S., Hosomi, Terada, A. 2017. Free nitrous acid and pH determine the predominant ammonia-oxidizing bacteria and amount of N₂O in a partial nitrifying reactor. Applied Microbiology and Biotechnology, 101(4), 1673-1683
• Kinh, C.T., Suenaga, T., Hori, T., Riya, S., Hosomi, M., Smets, B.F., Terada, A. Counter-diffusion biofilms have lower N₂O emissions than co-diffusion biofilms during simultaneous nitrification and denitrification: Insights from depth-profile analysis. Water Research (in press)
• Nguyen Thanh Tam, Hakan Berg, Jenny Laureus, Nguyen Van Cong, Michael Tedengren. 2016. Effects os Sequential Applications of Bassa 50EC (Fenobucarb) and Vitashield 40EC (Chlorpyrifos ethyl) on Acetylcholinesterase Activity in Climbing Perch (Anabas testudineus) Cultured in Rice Fields in the Mekong Delta, Vietnam. Bulletin of Environmental Contamination and Toxicology. pp. 1-7, DOI: 10.1007/s00128-016-1796-5. http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00128-016-1796-5
• Nguyen Thanh Tam, Hakan Berg, Nguyen Van Cong. 2016. Evaluation of the joint toxicity of chlorpyrifos ethyl and fenobucarb on climbing perch (Anabas testudineus) from rice fields in the Mekong Delta, Vietnam. Environmental Science and Pollution Research. Springer. pp. 1-9. DOI: 10.1007/s11356-016-6980-y. http://link.springer.com/article/10.1007/s11356-016-6980-y
• Nguyen Vo Chau Ngan, Nguyen Huu Chiem, Le Hoang Viet, Tran Sy Nam, Nguyen Thi Thuy, Kjeld Ingvorsen. 2015. Paddy straw application for energy production to reduce in situ straw burning in the Mekong Delta of Vietnam. International on Solid Waste 2015: Knowledge Transfer for Sustainable Resource Management (273 – 276).
• Nguyen Vo Chau Ngan, Nguyen Huu Chiem, Le Hoang Viet, Tran Sy Nam, Nguyen Minh Tung. 2015. Apply paddy straw for energy production to reduce in situ straw burning in the Mekong Delta of Vietnam. 23^rd European Biomass Conference and Exhibition.
• Thuan, N.C., Koba, K., Yano, M., Makabe, A., Kinh, C. T., Terada, A., Toyoda, S., Yoshida, N., Tanaka, Y., Katsuyama, M. and Yoh, M. N2O production by denitrification in an urban river: evidence from isotopes, functional genes, and dissolved organic matter, Limnology (in press).
• Trang T. Nhu, Jo Dewulf, Pieterjan Serruys, Sophie Huysveld, Cong V. Nguyen, Patrick Sorgeloos, Thomas Schaubroeck (2015). Resource usage of integrated Pig–Biogas–Fish system: Partitioning and substitution within attributional life cycle assessment. Resources, Conservation and Recycling102, September 2015, Pages 27–38
• Trang, N.T.D., Konnerup, D., and Brix, H., 2017. Effects of recirculation rates on water quality and Oreochromis niloticus growth in aquaponic systems. Aquacultural Engineering, Inpress. (Impact factor – 1.381). ISSN: 0144-8609. Online at https://doi.org/10.1016/j.aquaeng.2017.05.002.