Bộ môn Khoa học Môi trường có 03 phòng thực hành phục vụ cho công tác nghiên cứu Khoa học và Giảng dạy của tất cả cán bộ Bộ môn và sinh viên, học viên và nghiên cứu sinh các ngành trong Khoa:  

• Phòng thực hành Chất lượng môi trường
• Phòng thực hành Độc học môi trường
• Phòng thực hành Tài nguyên sinh vật

Hiện nay, Theo quyết định số 6404/QĐ - ĐHCT ngày 29/11/2022 thuộc dự án nâng cấp trường Đại Học Cần Thơ quyết định Thành lập các phòng thí nghiệm:

• Phòng thí nghiệm Độc học Môi trường và Độc học Môi trường tiên tiến
• Phòng thí nghiệm Sinh học Môi trường và Sinh học Môi trường tiên tiến
• Phòng thí nghiệm Môi trường Đất và Nước và Môi trường Đất và Nước tiên tiến
• Phòng thí nghiệm Kỹ thuật Môi trường tiên tiến