Hiện tại, để phục vụ tốt công tác giảng dạy và nghiên cứu khoa học, Bộ Môn QLMT và TNTN được chia thành 02 tổ chuyên ngành gồm:
- Quản Lý Tài nguyên Nước
- Kỹ thuật tài nguyên nước
Ngoài ra, những phòng thí nghiệm (Phòng thí nghiêm tài nguyên nước và phòng thí nghiệm tin học môi trường) có liên quan cũng được thành lập và hoạt động nhằm nâng cao hiệu quả của trong giảng dạy và nghiên cứu khoa học.